『メイドインアビス 目覚める神秘』2週目入場者特典に、つくしあきひと先生描きおろしミニ色紙【第2弾】（全2種ランダム配布）決定！　観る入場者特典としてミニアニメ『ひめさま日記』(2)も上映

隅々まで探索されつくした世界に、唯一残された秘境の大穴『アビス』。

どこまで続くとも知れない深く巨大なその縦穴には、奇妙奇怪な生物たちが生息し、今の人類では作りえない貴重な遺物が眠っている。「アビス」の不可思議に満ちた姿は人々を魅了し、冒険へと駆り立てた。

そうして幾度も大穴に挑戦する冒険者たちは、次第に『探窟家』と呼ばれるようになっていった。

アビスの縁に築かれた街『オース』に暮らす孤児のリコは、いつか母のような偉大な探窟家になり、アビスの謎を解き明かすことを夢見ていた。

ある日、母・ライザの白笛が発見されたことをきっかけに、アビスの奥深くへ潜ることを決意するリコ。リコに拾われた記憶喪失のロボット・レグも自分の記憶を探しに一緒に行くことを決意する。

深界四層で猛獣タマウガチの毒に苦しむリコ。リコを救ったのは成れ果てのナナチだった。ナナチを仲間に加え、ボンドルドの待つ深界五層へと三人は冒険を進める。そこで、出会ったプルシュカと名乗る女の子は、ボンドルドに育てられ外界を知らずにいた。リコの冒険話に夢中になり一緒に冒険に行きたいと願うが、あえなくボンドルドの実験に利用されてしまう。

しかし、プルシュカは形を変えリコの白笛となり、一同は深界六層「還らずの都」へと進む。そこには、成れ果てが独自の価値観を持って生活している「成れ果ての村」と、姫・ファプタが存在していた。ファプタの「願い」によって解放された村は崩壊し、リコたちはファプタを誘い、深界七層へと進むのであった。